Die Stiftung ist mit der Urkunde errichtet, die Johann Ludwig Frey am 1. März 1747 ausfertigte. Sie trat mit dem Tod des Stifters am 28. Februar 1759 in Kraft. Auch wenn die ursprünglichen finanziellen Ressourcen heute nicht mehr vorhanden sind, arbeitet die Stiftung auf dieser Basis bis heute. Ihr «Kapital» ist die historische Bibliothek, die Liegenschaft am Heuberg sowie eine über 250-jährige Geschichte der Gelehrsamkeit und der theologischen Forschung. Die Stiftung möchte – auch ohne ein Stipendienprogramm, Projektförderung oder ähnliches – einen Beitrag zum kulturellen Leben in Basel und darüber hinaus leisten. Auch im 21. Jahrhundert bildet sie eine lebendige Plattform des Austauschs und der Forschung.
Das institutionelle Rückgrat der Stiftung ist das dreiköpfige Kuratorium:
Prof. Dr. theol. Michael Bangert (Präsident), (seit 2020)
lic.iur. Luzius Zumstein, Advokat (seit 2020)
Dr. phil Denise von Weymarn-Goldschmidt, Historikerin (seit 2023)
Die Durchführung der Tagesgeschäfte obliegt einem Theologieprofessor, der den Titel «Lektor» trägt:
Prof. Dr. Moisés Mayordomo (Neues Testament)
Von Anfang an arbeitet die Stiftung eng mit der Universität Basel zusammen. Ein Teil ihrer Räumlichkeiten ist als Büroraum an die theologische Fakultät der Universität vermietet, darunter ein Lehrstuhl der Theologischen Fakultät: Prof. Dr. Reinhold Bernhardt (Systematische Theologie / Dogmatik)