Das Frey-Grynaeische Institut geht auf eine Stiftung aus dem Jahr 1747 zurück. Sie wurde von dem Theologieprofessor Johann Ludwig Frey zur Erinnerung an seinen früh verstorbenen Kollegen Johannes Grynaeus errichtet. In der Gründungsurkunde, die Johann Ludwig Frey am 1. März 1747 ausfertigte, ist festgehalten, dass

1. zur Verwaltung des Instituts jederzeit ein tauglicher, gottesfürchtiger, eifriger und wissenschaftlich versierter Theologe eingesetzt werden soll,

2. dieser Vorlesungen halten, publizieren und das Institut zum Nutzen der Studierenden einrichten soll (mit dem inhaltlichen Schwerpunkt der biblischen Exegese sowie des Friedens und der Eintracht unter den Christen),

3. er im Haus wohnen darf (ursprünglich: mietfrei), aber für die notwendigen Renovationsarbeiten und die Erhaltung der Bibliothek zu sorgen hat,

4. darüber jeweils drei angesehene, verständige und gewissenhafte Männer ein wachsames Auge halten.